南非航空公司 Flyfofa 自 2013 年 11 月成立以来，十余年间积累了一系列政府合同纠纷、法院裁决和监管争议。2015 年，Flyfofa 赢得了涵盖北开普省和夸祖鲁-纳塔尔省固定翼空中救护及外展服务的 RT-79 国家航空医疗服务招标部分标段，但竞争对手对其服务能力及航空运营人执照（AOC）提出质疑，南非民用航空局于 2015 年 1 月确认该 AOC 的颁发存在违规之处。南非国家财政部后来以评估标准未被纳入为由取消了 RT-79 招标。
2017 年，国有航空公司 SA Express 与 Flyfofa 签订了另一份租赁协议，随后 SA Express 在高等法院对该协议提出质疑，主张采购程序未符合宪法要求及《公共财政管理法》；法院裁定该协议无效，但未对 Flyfofa 作出任何刑事认定，采购责任由 SA Express 承担。
2019 年 7 月，南非航空（South African Airways）与 Flyfofa 就一架 Boeing 737-300 货机签订了为期 36 个月、价值 R85,340,863 的干租协议。特别调查组（Special Investigating Unit）认定，该协议的达成既未经过必要的竞争性采购程序，也未就偏离常规程序获得南非国家财政部的批准，且其中一架注册号为 ZS-TGG 的飞机自 2018 年 12 月起停飞直至 2019 年 8 月。特别调查组将此事提交至特别法庭，该法庭于 2026 年 9 月裁定该 SAA 协议违法并予以撤销。
另一方面，Flyfofa Aviation Training 参与的一项价值约 R148 million 的国家技能基金（National Skills Fund）培训项目在合同合规性、培训核查、支出及文件记录方面引发关注，国家技能基金于 2026 年 8 月终止了与 Flyfofa Aviation 的协议，同时表示正在采取措施保护受影响的学员。amaBhungane 的调查将国家技能基金核对 Flyfofa Aviation Training 申报的飞行时数与学员飞行日志记录的情况公之于众，其中显示约 R3.88 million 的差异，随后相关贷方通知单被开具；另有约 R13 million 支付给与 Flyfofa 高层相关的两家公司的情况被披露，不过这些仍属已披露的指控，就该培训项目而言尚未有任何刑事认定成立。就上述所有事项而言，Flyfofa 均未被认定存在刑事行为，该公司目前仍在正常运营。
